代谢组学数据处理软件

一、Progenesis QI

 

Progenesis QI软件由沃特世开发,集中资源专注于为组学数据分析提供的一个世界领先信息学平台,是新一代LC-MS数据分析软件,使您能够定量然后识别样品中变化显著的“小分子”和脂质。支持所有常见仪器供应商的数据格式,具有高度直观和菜单引导的工作流程,同时处理多种实验设计,能够处理大量样品组,可助您快速、可靠地发现感兴趣的化合物。除了常规的数据依赖分析(DDA),Progenesis QI还支持对沃特世MSEHDMSE数据进行数据独立分析(DIA)。

 

Progenesis QI 优势

可以导入DDAIDA)或MSE采集的子离子数据,并自动和批量进行碎片的结构确认,极大减轻科研工作者的工作量,提高工作效率。

LipidBlastChemSpiderElemental CompositionMETLIN以及自带的搜索工具MetaScope将为您带来灵活的化合物检索方法。

根据精确质量数、子离子碎片、同位素分布、保留时间(RT)和碰撞截面积(CCS)进行化合物鉴定,可导入各种鉴定结果,包括来自SDF数据库的化学结构和嵌入化合物信息的网络链接。

使用简单易用的多变量统计方法,如主成分分析(PCA)和相关性分析等,找出决定样品之间生物学差异的化合物,通过数据零丢失和完整的数据矩阵确保可靠的多元统计分析。


图片.png


METLIN MS/MS Library

METLIN的代谢物数据库由Gary Siuzdak教授创建,是当今世界上最全面和广泛使用的代谢物数据库,涵盖的MS/MS二级谱图的数量也是最多的。该数据库包含超过240,000个不同的化合物,其中超过13,900个化合物具有独立测定的MS/MS二级谱图,另外220,000个则是软件模拟生成的MS/MS数据。

图片.png

二、SIMCA 15

SIMCA 软件由瑞典Umetrics公司在1987研究开发,是目前国际上科研和监管机构普遍认可的多元变量统计分析软件,并且已经成为多元变量统计分析的标杆。针对多变量大数据集,SIMCA可有效进行模型构建和分析,以获得更透彻和深入的数据结果。通过模型构建,可同时观察所有数据变量,从而避免信息丢失,减少数据复杂性。为进一步探究数据价值,SIMCA通过OPLS?OPLS-DA?O2PLS? PLS-TREE?等分析模块可排除噪音以获得有效数据,并进行可视化等对数据进行分类和预测,从而提供最优的解决方案。

SIMCA15可自动对数据表进行模型构建和数据分析,过程中不需要编程或统计学基础,可简单高效地对多元变量数据进行统计分析,是代谢组学数据分析的最佳工具。

 

 图片.png

                   

 主成分分析(PCA)得分图                                                    偏最小二乘方-判别分析(PLS-DA)得分图

       

图片.png           

正交偏最小二乘方-判别分析(OPLS-DA)得分图                                    OPLS-DA模型的响应排序检验

图片.png

 OPLS-DA分析载荷图                                                                             OPLS-DA分析 S-Plot