一、Mascot
1、 Mascot Server——基于质谱数据的蛋白质鉴定软件。
Mascot Server是目前大多数质谱仪器进行蛋白质鉴定标准软件。Mascot Server架设在基于HTTP的网络服务中，可以支持从本地或网上提交任意数量的谱图进行搜库鉴定和定量。同时Mascot提供了一个自动化、标准 化的数据库上传管理、数据结果解读、导出方案。帮助您不但可以构建面向各质谱仪的数据分析平台，而且可以向整个学校的 用户提供在线的分析结果查看和报告输出服务。
支持三种蛋白质搜库策略，其中包括2D-PAGE联用MALDI技术常用的 Peptide Mass Fingerprint (PMF)。在鉴定LC-MS及复杂MALDI样品中采用MS/MS Ion Search，另外Mascot提供了Sequence Query功能，可通过分子量和碎片离子信息联合搜库。
2、Mascot Daemon是一个整合在Server中并能联用Distiller的客户端程序，能够快捷的帮您批量进行谱图提取、蛋白鉴定、定量等工作。
3、Mascot Distiller— 跨平台的质谱原始数据处理、母离子标记定量及De Novo测序软件。Distiller可以对谱峰进行自动去噪、优化、去卷积等预分析，产出高质量的谱峰列表用以蛋白鉴定、定量或者使用Distiller直接进行De Novo。
Distiller的De Novo测序功能能够快速批量的对高精度MS2谱图进行De Novo测序，结合Mascot搜库及Sequence Query功能能够有效鉴定稀有种属的蛋白序列信息及未知后修饰、点突变信息。可以选择单一谱峰进行De Novo，也可以批量联用DB search，仅对未匹配的谱峰进行De Novo。
Mascot Distiller可以根据MS1进行定量。同样可以对基于母离子标记定量信息的SILAC、N15、O18代谢标记的结 果进行定量并采用一系列质量控制方法 对结果进行可信度评估，从而得到可靠 而准确的同位素定量结果。
二、Spectronaut
下一代蛋白质组学研究的核心技术：DIA/SWATH数据分析；Spectronaut软件具有无与伦比的优势：超快计算速度，全面严格的质控标准；支持大多数产出DIA/SWATH数据的仪器；简单、易用的用户界面；支持不进行谱图库构建的directDIA策略。
基于Spectronaut的DIA三大解决方案
1、传统HRM分析策略
利用混合样品2DLC分级建立谱图库，从而实现最大化蛋白质组覆盖。
结合iRT试剂矫正，将DIA数据快速与谱图库进行比对得到最大化定量结果。
2、基于DIA搜库引擎（Pulsar）的directDIA策略
Spectronaut的DIA数据库检索功能使得DIA数据解析摆脱了依赖于DDA的谱图数据库a实验设计简单，类似于传统Labelfree技术。
3、兼具DDA和DIA的谱图数据库的DIA数据分析——DpD策略
利用混合样品2DLC分级建立谱图库，同时采用DIA和DDA进行数据采集，并且采用Pulsar的DIA和DDA搜索功能建立DDA与DfD谱图数据库。
样本DIA数据比对以上谱图数据库定性定量更多信号。
无
一、Mascot
1、 Mascot Server——基于质谱数据的蛋白质鉴定软件。
Mascot Server是目前大多数质谱仪器进行蛋白质鉴定标准软件。Mascot Server架设在基于HTTP的网络服务中，可以支持从本地或网上提交任意数量的谱图进行搜库鉴定和定量。同时Mascot提供了一个自动化、标准 化的数据库上传管理、数据结果解读、导出方案。帮助您不但可以构建面向各质谱仪的数据分析平台，而且可以向整个学校的 用户提供在线的分析结果查看和报告输出服务。
支持三种蛋白质搜库策略，其中包括2D-PAGE联用MALDI技术常用的 Peptide Mass Fingerprint (PMF)。在鉴定LC-MS及复杂MALDI样品中采用MS/MS Ion Search，另外Mascot提供了Sequence Query功能，可通过分子量和碎片离子信息联合搜库。
2、Mascot Daemon是一个整合在Server中并能联用Distiller的客户端程序，能够快捷的帮您批量进行谱图提取、蛋白鉴定、定量等工作。
3、Mascot Distiller— 跨平台的质谱原始数据处理、母离子标记定量及De Novo测序软件。Distiller可以对谱峰进行自动去噪、优化、去卷积等预分析，产出高质量的谱峰列表用以蛋白鉴定、定量或者使用Distiller直接进行De Novo。
Distiller的De Novo测序功能能够快速批量的对高精度MS2谱图进行De Novo测序，结合Mascot搜库及Sequence Query功能能够有效鉴定稀有种属的蛋白序列信息及未知后修饰、点突变信息。可以选择单一谱峰进行De Novo，也可以批量联用DB search，仅对未匹配的谱峰进行De Novo。
Mascot Distiller可以根据MS1进行定量。同样可以对基于母离子标记定量信息的SILAC、N15、O18代谢标记的结 果进行定量并采用一系列质量控制方法 对结果进行可信度评估，从而得到可靠 而准确的同位素定量结果。
二、Spectronaut
下一代蛋白质组学研究的核心技术：DIA/SWATH数据分析；Spectronaut软件具有无与伦比的优势：超快计算速度，全面严格的质控标准；支持大多数产出DIA/SWATH数据的仪器；简单、易用的用户界面；支持不进行谱图库构建的directDIA策略。
基于Spectronaut的DIA三大解决方案
1、传统HRM分析策略
利用混合样品2DLC分级建立谱图库，从而实现最大化蛋白质组覆盖。
结合iRT试剂矫正，将DIA数据快速与谱图库进行比对得到最大化定量结果。
2、基于DIA搜库引擎（Pulsar）的directDIA策略
Spectronaut的DIA数据库检索功能使得DIA数据解析摆脱了依赖于DDA的谱图数据库a实验设计简单，类似于传统Labelfree技术。
3、兼具DDA和DIA的谱图数据库的DIA数据分析——DpD策略
利用混合样品2DLC分级建立谱图库，同时采用DIA和DDA进行数据采集，并且采用Pulsar的DIA和DDA搜索功能建立DDA与DfD谱图数据库。
样本DIA数据比对以上谱图数据库定性定量更多信号。